Установка:

Для установки gasic в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install gasic
Dzen
gasic — коррекция подобия генома

Подробная информация о пакете:

Коррекция подобия генома

  • Зависимости:

  • bowtie

    Ультрабыстрое быстродействующее короткое считывающее устройство

  • bowtie2

    Ультрабыстрое запоминающее устройство с коротким считыванием

  • bwa

    Burrows-Wheeler Aligner

  • python

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

  • python-biopython

    Библиотека Python для биоинформатики (реализована на Python 2)

  • python-matplotlib

    Система построения на основе Python в стиле, подобном Matlab

  • python-numpy

    Численный Python добавляет быстрый механизм массива на язык Python

  • python-pysam

    Интерфейс для выравнивания и отображения последовательности SAM / BAM (Python 2)

  • python-scipy

    Научные инструменты для Python

  • seqan-apps

    Библиотека C++ для анализа биологических последовательностей