Установка:
Для установки gubbins в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:
sudo apt update
sudo apt install gubbins
Подробная информация о пакете:
Филогенетический анализ последовательностей генома
-
Зависимости:
-
Филогенетические деревья от выравнивания нуклеотидных или белковых последовательностей
-
Библиотека GNU C: общие библиотеки
-
Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
Библиотека Python для биоинформатики (реализована на Python 3)
-
Библиотека филогенетических вычислений DendroPy (Python 3)
-
Обнаружение и запуск теста для Python3 unittest
-
Библиотека ReportLab для создания PDF-документов с использованием Python3
-
Рандомизированное акселерированное максимальное правдоподобие филогенетических деревьев
-
Библиотека сжатия - время выполнения