» Наука

Как установить salmon в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки salmon в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install salmon

Настроить команду APT

salmon — количественное определение транскрипта с нечеткой скоростью из данных РНК-seq

Подробная информация о пакете:

Количественное определение транскрипта с нечеткой скоростью из данных РНК-seq

https://github.com/COMBINE-lab/salmon
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • libboost-filesystem1.65.1

    Операции с файловой системой (переносные пути, итерация по каталогам и т.д.) в C++

  • libboost-iostreams1.65.1

    Библиотека Boost.Iostreams

  • libboost-program-options1.65.1

    Библиотека опций программ для C++

  • libboost-system1.65.1

    Библиотека операционной системы (например, поддержка диагностики)

  • libc6

    Библиотека GNU C: общие библиотеки

  • libdivsufsort3

    Конструкция быстрого суффикса

  • libgcc1

    Библиотека поддержки GCC

  • libjellyfish-2.0-2

    Подсчет k-mers в последовательностях ДНК (динамическая библиотека медуз)

  • libjemalloc1

    Универсальная масштабируемая параллельная реализация malloc (3)

  • libjs-sphinxdoc

    Поддержка JavaScript для документации Sphinx

  • libstaden-read11

    Библиотека Staden для чтения и записи результатов секвенирования ДНК

  • libtbb2

    Библиотека параллелизма для C++ - файлы времени выполнения

  • sphinx-rtd-theme-common

    Тема sphinx от readthedocs.org (общие файлы)

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения