Установка:

Для установки r-bioc-annotationhub в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install r-bioc-annotationhub

Подробная информация о пакете:

Клиент GNU R для доступа к ресурсам AnnotationHub

Этот пакет предоставляет клиенту веб-ресурс Biotonductor AnnotationHub. Веб-ресурс AnnotationHub обеспечивает центральное расположение, где могут быть обнаружены геномные файлы (например, VCF, кровать, парик) и другие ресурсы из стандартных мест (например, UCSC, Ensembl). Ресурс включает метаданные о каждом ресурсе, например текстовое описание, теги и дату модификации. Клиент создает и управляет локальным кэшем файлов, извлекаемых пользователем, что помогает быстро и воспроизводить доступ.

Зависимости:

  • r-api-3.4

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-annotationdbi

    GNU R Интерфейс базы данных аннотаций для BioConductor

  • r-bioc-biocgenerics

    общие функции для Bioconductor

  • r-bioc-biocinstaller

    Устанавливать / Устанавливать пакеты Bioconductor и CRAN

  • r-bioc-interactivedisplaybase

    базовый пакет для создания мощных блестящих веб-дисплеев объектов Bioconductor

  • r-bioc-s4vectors

    BioConductor S4 реализация векторов и списков

  • r-cran-curl

    Современный и гибкий веб-клиент GNU R для R

  • r-cran-httr

    Инструменты GNU R для работы с URL-адресами и HTTP

  • r-cran-rsqlite

    Драйвер интерфейса базы данных R для SQLite

  • r-cran-yaml

    Методы преобразования данных R в YAML и обратно