» Наука

Как установить ariba в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки ariba в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install ariba

Настроить команду APT

ariba — Идентификация сопротивления антибиотика с помощью сборки

Подробная информация о пакете:

Идентификация сопротивления антибиотика с помощью сборки

https://github.com/sanger-pathogens/ariba
, , ,
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • bowtie2

    Ультрабыстрое запоминающее устройство с коротким считыванием

  • cd-hit

    Набор программ, предназначенных для быстрой группировки последовательностей

  • fastaq

    Инструменты FASTA и FASTQ для работы с файлами

  • libc6

    Библиотека GNU C: общие библиотеки

  • libfml0

    Библиотека для сборки Illumina short читает в небольших регионах

  • libgcc1

    Библиотека поддержки GCC

  • libminimap0

    Библиотека для приблизительного отображения длинных биопоследовательностей

  • mash

    Оценка быстрого генома и метагеном, используя MinHash

  • mummer

    Эффективное выравнивание последовательности полных геномов

  • python3

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  • python3-bs4

    Устойчивый к ошибкам HTML-парсер для Python 3

  • python3-dendropy

    Библиотека филогенетических вычислений DendroPy (Python 3)

  • python3-matplotlib

    Система построения на основе Python в стиле, подобном Matlab (Python 3)

  • python3-pymummer

    Интерфейс Python 3 для MUMmer

  • python3-pysam

    Интерфейс для выравнивания и отображения последовательности SAM / BAM (Python 3)

  • python3-tk

    Tkinter - Создание приложений Tk с Python 3.x

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения

  • libstdc++6