» Наука

Как установить freebayes в Ubuntu

Установка:

Для установки freebayes в Ubuntu / Linux Mint, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install freebayes

Настроить команду APT

freebayes — Обнаружение и генотипирование байесовского на основе гаплотипов

Подробная информация о пакете:

Обнаружение и генотипирование байесовского на основе гаплотипов

https://github.com/ekg/freebayes
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • libc6

    Библиотека GNU C: общие библиотеки

  • libdisorder0

    Библиотека для измерения энтропии потоков байтов

  • libfml0

    Библиотека для сборки Illumina short читает в небольших регионах

  • libgcc1

    Библиотека поддержки GCC

  • libhts2

    Библиотека C для форматов данных с высокой пропускной способностью

  • libjsoncpp1

    Библиотека для чтения и записи JSON для C++

  • libseqlib0

    Интерфейс C++ htslib / bwa-mem / fermi для опроса данных последовательности

  • libsmithwaterman0

    Определить аналогичные области между двумя строками или геномными последовательностями (lib)

  • libssw0

    Быстрая параллельная реализация SIMD алгоритма Smith-Waterman

  • libtabixpp0

    C++-оболочка для индексатора tabix

  • libvcflib1

    Библиотека C++ для синтаксического анализа и управления файлами VCF

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения

  • libstdc++6