Установка:

Для установки pbhoney в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install pbhoney

Настроить команду APT

pbhoney — обнаружение геномных структурных изменений

Подробная информация о пакете:

Обнаружение геномных структурных изменений

  • Зависимости:

  • blasr

    Отображение одномолекулярных последовательностей

  • python

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

  • python-h5py

    Универсальный интерфейс Python для hdf5 (Python 2)

  • python-intervaltree-bio

    Серии классов интервальных деревьев для геномных данных - библиотека Python 2

  • python-networkx

    Инструмент для создания, управления и изучения сложных сетей

  • python-numpy

    Численный Python добавляет быстрый механизм массива на язык Python

  • python-pbbanana

    Дополнительные утилиты для pbsuite

  • python-pbsuite-utils

    Программного обеспечения для данных Seic Biosciences - Python

  • python-pysam

    Интерфейс для выравнивания и отображения последовательности SAM / BAM (Python 2)

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM