» Наука

Как установить seqsero в Ubuntu

Установка:

Для установки seqsero в Ubuntu / Linux Mint, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install seqsero

Настроить команду APT

seqsero — Серотипирование Salmonella из данных секвенирования генома

Подробная информация о пакете:

Серотипирование Salmonella из данных секвенирования генома

https://github.com/denglab/SeqSero
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • bwa

    Burrows-Wheeler Aligner

  • python

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

  • python-biopython

    Библиотека Python для биоинформатики (реализована на Python 2)

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM

  • sra-toolkit

    Утилиты для NCBI Sequence Read Archive