» Наука

Как установить sga в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки sga в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install sga

Настроить команду APT

sga — ассемблер генома de novo, который использует строковые графики

Подробная информация о пакете:

Ассемблер генома de novo, который использует строковые графики

https://github.com/jts/sga
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • libbamtools2.4.0

    Динамическая библиотека для управления файлами BAM (выравнивание генома)

  • libc6

    Библиотека GNU C: общие библиотеки

  • libgcc1

    Библиотека поддержки GCC

  • libgomp1

    Библиотека поддержки GCC OpenMP (GOMP)

  • python

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

  • python-pysam

    Интерфейс для выравнивания и отображения последовательности SAM / BAM (Python 2)

  • python-ruffus

    Библиотека протоколов вычислений Python, широко используемая в биоинформатике

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения

  • libstdc++6