» Наука

Как установить smalr в Ubuntu

Установка:

Для установки smalr в Ubuntu / Linux Mint, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install smalr

Настроить команду APT

smalr — опрос метилирующего статуса нуклеотидного секвенирования

Подробная информация о пакете:

Опрос метилирующего статуса нуклеотидного секвенирования

https://github.com/fanglab/SMALR
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • bwa

    Burrows-Wheeler Aligner

  • cython

    C-расширения для Python

  • python

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

  • python-h5py

    Универсальный интерфейс Python для hdf5 (Python 2)

  • python-numpy

    Численный Python добавляет быстрый механизм массива на язык Python

  • python-pbcore

    Библиотека Python для обработки файлов данных PacBio

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-cran-seqinr

    Поиск и анализ биологических последовательностей GNU R

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM