» Наука

Как установить spades в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки spades в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install spades

Настроить команду APT

spades — сборщик генома для односетевых и изоляционных наборов данных

Подробная информация о пакете:

Сборщик генома для односетевых и изоляционных наборов данных

http://cab.spbu.ru/software/spades/
, , ,
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • bamtools

    Инструментарий для управления файлами BAM (выравнивание генома)

  • bwa

    Burrows-Wheeler Aligner

  • libc6

    Библиотека GNU C: общие библиотеки

  • libgcc1

    Библиотека поддержки GCC

  • libgomp1

    Библиотека поддержки GCC OpenMP (GOMP)

  • libhat-trie0

    HAT-trie, чрезвычайно эффективный (пространство и время) современный вариант попыток

  • libjemalloc1

    Универсальная масштабируемая параллельная реализация malloc (3)

  • libnlopt0

    Библиотека нелинейной оптимизации

  • libssw0

    Быстрая параллельная реализация SIMD алгоритма Smith-Waterman

  • python

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

  • python-joblib

    Инструменты для облегчения конвейерной обработки в Python

  • python-yaml

    Парсер YAML и эмиттер для Python

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения

  • libstdc++6