Установка:

Для установки srst2 в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install srst2
Dzen
srst2 — Короткое чтение последовательности для бактериальных патогенов

Подробная информация о пакете:

Короткое чтение последовательности для бактериальных патогенов

  • Зависимости:

  • bowtie2

    Ультрабыстрое запоминающее устройство с коротким считыванием

  • cd-hit

    Набор программ, предназначенных для быстрой группировки последовательностей

  • python

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

  • python-biopython

    Библиотека Python для биоинформатики (реализована на Python 2)

  • python-scipy

    Научные инструменты для Python

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM