Установка:

Для установки bio-tradis в Ubuntu / Linux Mint, введите в Терминал:

sudo apt updatesudo apt install bio-tradis

Подробная информация о пакете:

анализировать результаты анализа TraDIS геномных последовательностей

Зависимости:

  • perl

    Практический язык извлечения и отчета Ларри Уолла

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-cran-getopt

    Пакет GNU R, обеспечивающий функциональность синтаксического анализа командной строки

  • r-cran-mass

    GNU R-пакет Venables и Ripley's MASS

  • samtools

    выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM

  • smalt

    Инструмент сопоставления последовательностей и выравнивания

  • tabix

    универсальный индексатор для файлов положения генома, разделенных TAB