Установка:

Для установки bio-tradis в Ubuntu / Linux Mint, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install bio-tradis
bio-tradis — анализировать результаты анализа TraDIS геномных последовательностей

Подробная информация о пакете:

Анализировать результаты анализа TraDIS геномных последовательностей

Bio-Tradis содержит набор инструментов для анализа результатов анализа TraDIS.

Конвейер анализа Bio-Tradis реализован в виде расширяемой библиотеки Perl, которую можно использовать как есть, или как основу для разработки более совершенных инструментов анализа.

Обратите внимание: вам нужно вручную установить BioConductor Edger, который не может распространяться Debian в последней версии, так как он использует нераспространяемый код locfit.

  • Зависимости:

  • perl

    Практический язык извлечения и отчета Ларри Уолла

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-cran-getopt

    Пакет GNU R, обеспечивающий функциональность синтаксического анализа командной строки

  • r-cran-mass

    GNU R-пакет Venables и Ripley's MASS

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM

  • smalt

    Инструмент сопоставления последовательностей и выравнивания

  • tabix

    Универсальный индексатор для файлов положения генома, разделенных TAB