Как установить trinityrnaseq в Ubuntu / Debian

berkeley-express

Потоковая квантификация для высокопроизводительной последовательности

bowtie

Ультрабыстрое быстродействующее короткое считывающее устройство

bowtie2

Ультрабыстрое запоминающее устройство с коротким считыванием

curl

Инструмент командной строки для передачи данных с синтаксисом URL

default-jre-headless

Стандартная совместимость с Java или Java Runtime (без звука)

jaligner

Смит-Уотерман с улучшением Gotoh

jellyfish

Подсчет k-mers в последовательностях ДНК

libc6

Библиотека GNU C: общие библиотеки

libcommons-collections4-java

Коллекции коллекций Apache - расширенный API коллекций для Java

libgcc1

Библиотека поддержки GCC

libgetopt-java

GNU getopt - порт Java

libgomp1

Библиотека поддержки GCC OpenMP (GOMP)

libhts2

Библиотека C для форматов данных с высокой пропускной способностью

libjung-free-java

Java Universal Network/Graph Framework

libwww-perl

Простой и последовательный интерфейс со всемирной сетью

parafly

Параллельная обработка команд с использованием OpenMP

perl

Практический язык извлечения и отчета Ларри Уолла

python

Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (ветка 2.x)

r-base-core

GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

r-bioc-qvalue

Пакет GNU R для оценки Q-значения для контроля FDR

r-cran-cluster

GNU R для кластерного анализа Rousseeuw et al.

rsem

RNA-Seq по ожиданию-максимизации

samtools

Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM

transdecoder

Найти области кодирования в последовательностях транскрипции РНК

trimmomatic

Гибкий инструмент для считывания прошивки для данных Illumina NGS

libstdc++6