Установка:

Для установки r-bioc-biomart в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install r-bioc-biomart

Подробная информация о пакете:

Интерфейс GNU R для баз данных BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase и Gramene)

В последние годы в публичных хранилищах данных стало доступно множество биологических данных. Для всестороннего анализа данных биоинформатики необходим простой доступ к этим ценным ресурсам данных и прочная интеграция с анализом данных. biomaRt предоставляет интерфейс для растущего набора баз данных, реализующих программный пакет BioMart (http://www.biomart.org). Пакет позволяет получать большие объемы данных единым способом без необходимости знать базовые схемы баз данных или записывать сложные SQL-запросы. Примерами баз данных BioMart являются Ensembl, COSMIC, Uniprot, HGNC, Gramene, Wormbase и dbSNP, сопоставленные с Ensembl. Эти основные базы данных предоставляют пользователям biomaRt прямой доступ к разнообразному набору данных и предоставляют широкий спектр мощных онлайн-запросов от аннотации генов к поиску базы данных.

Список зависимостей:

  • r-api-3.4

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-annotationdbi

    GNU R Интерфейс базы данных аннотаций для BioConductor

  • r-cran-httr

    Инструменты GNU R для работы с URL-адресами и HTTP

  • r-cran-progress

    Графические индикаторы вывода GNU R

  • r-cran-rcurl

    GNU R Общая сеть (HTTP/FTP/ ...) клиентский интерфейс

  • r-cran-stringr

    Упростите работу со строками

  • r-cran-xml

    GNU R пакет для синтаксического анализа и генерации XML