» Наука

Как установить circlator в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки circlator в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install circlator

Настроить команду APT

circlator — группировать геномные сборки

Подробная информация о пакете:

Группировать геномные сборки

http://sanger-pathogens.github.io/circlator/
, , ,
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • bwa

    Burrows-Wheeler Aligner

  • fastaq

    Инструменты FASTA и FASTQ для работы с файлами

  • mummer

    Эффективное выравнивание последовательности полных геномов

  • prodigal

    Микробиальная (бактериальная и археальная) программа поиска генов

  • python3

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  • python3-openpyxl

    Модуль для чтения / записи файлов OpenXML xlsx/xlsm

  • python3-pymummer

    Интерфейс Python 3 для MUMmer

  • python3-pysam

    Интерфейс для выравнивания и отображения последовательности SAM / BAM (Python 3)

  • samtools

    Выравнивание последовательности обработки в форматах SAM и BAM

  • spades

    Сборщик генома для односетевых и изоляционных наборов данных