» Наука

Как установить snakemake в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки snakemake в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install snakemake

Настроить команду APT

snakemake — система управления рабочим процессом pythonic

Подробная информация о пакете:

Система управления рабочим процессом pythonic

https://bitbucket.org/snakemake/snakemake
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • ca-certificates

    Общие сертификаты CA

  • libjs-d3

    Библиотека визуализации JavaScript для HTML и SVG

  • libjs-mathjax

    Механизм отображения JavaScript для LaTeX и MathML

  • libjs-sphinxdoc

    Поддержка JavaScript для документации Sphinx

  • python3

    Интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  • python3-appdirs

    Определение соответствующих каталогов, специфичных для платформы (Python 3)

  • python3-configargparse

    Замена для argparse с конфигурационными файлами и переменными среды (Python 3)

  • python3-docutils

    Система обработки текста для reStructuredText (реализована в Python 3)

  • python3-psutil

    Модуль, обеспечивающий удобные функции для управления процессами (Python3)

  • python3-pytools

    Большой пакет вещей, дополняющий стандартную библиотеку Python 3

  • python3-ratelimiter

    Простая библиотека Python для ограничения скорости операций

  • python3-requests

    Элегантная и простая HTTP-библиотека для Python3, построенная для людей

  • python3-rpy2

    Интерфейс Python3 для языка и среды GNU R (версия 2)

  • python3-setuptools

    Улучшения Python3 Distutils

  • python3-wrapt

    Декораторов, оберток и патчей обезьян. - Python 3.x

  • python3-yaml

    Анализатор YAML и эмиттер для Python3

  • sphinx-rtd-theme-common

    Тема sphinx от readthedocs.org (общие файлы)