Установка:

Для установки r-bioc-rsamtools в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt updatesudo apt install r-bioc-rsamtools
r-bioc-rsamtools — GNU R двоичное выравнивание (BAM), вариант вызова (BCF) или импорт файла tabix

Подробная информация о пакете:

GNU R двоичное выравнивание (BAM), вариант вызова (BCF) или импорт файла tabix

Этот пакет предоставляет интерфейс к утилитам ‘samtools’, ‘bcftools’ и ‘tabix’ для управления SAM (Sequence Alignment / Map), бинарный вариант вызова (BCF) и сжатые индексированные файлы с табуляцией (tabix).

  • Зависимости:

  • libgcc1

    Библиотека поддержки GCC

  • libstdc++6

    Стандартная библиотека GNU GNU v3

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-biocgenerics

    Общие функции для Bioconductor

  • r-bioc-biocparallel

    Объекты BioConductor для параллельной оценки

  • r-bioc-biostrings

    Строковые объекты GNU R, представляющие биологические последовательности

  • r-bioc-genomeinfodb

    Утилиты BioConductor для управления хромосомными идентификаторами

  • r-bioc-genomicranges

    Представление BioConductor и манипуляция геномными интервалами

  • r-bioc-iranges

    Контейнеры низкого уровня GNU R для хранения наборов целых диапазонов

  • r-bioc-s4vectors

    BioConductor S4 реализация векторов и списков

  • r-bioc-xvector

    Представление BioConductor и манипуляция внешними последовательностями

  • r-cran-bitops

    Пакет GNU R, реализующий побитовые операции

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения

  • libc6

  • r-api-3.4