Установка:

Для установки r-bioc-rtracklayer в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt updatesudo apt install r-bioc-rtracklayer
r-bioc-rtracklayer — Интерфейс GNU R для браузеров генома и их аннотации

Подробная информация о пакете:

Интерфейс GNU R для браузеров генома и их аннотации

Расширяемая структура для взаимодействия с несколькими браузерами генома (в настоящее время встроенная в UCSC) и манипулирование треками аннотаций в различных форматах (в настоящее время GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig и 2bit встроенные). Пользователь может экспортировать / импортировать треки в / из поддерживаемых браузеров, а также запрашивать и изменять состояние браузера, например текущее окно просмотра.

  • Зависимости:

  • libssl1.1

    Инструментарий Secure Sockets Layer - общие библиотеки

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-biocgenerics

    Общие функции для Bioconductor

  • r-bioc-biostrings

    Строковые объекты GNU R, представляющие биологические последовательности

  • r-bioc-genomeinfodb

    Утилиты BioConductor для управления хромосомными идентификаторами

  • r-bioc-genomicalignments

    Представление BioConductor и манипулирование короткими геномными выравниваниями

  • r-bioc-genomicranges

    Представление BioConductor и манипуляция геномными интервалами

  • r-bioc-iranges

    Контейнеры низкого уровня GNU R для хранения наборов целых диапазонов

  • r-bioc-rsamtools

    GNU R двоичное выравнивание (BAM), вариант вызова (BCF) или импорт файла tabix

  • r-bioc-s4vectors

    BioConductor S4 реализация векторов и списков

  • r-bioc-xvector

    Представление BioConductor и манипуляция внешними последовательностями

  • r-cran-rcurl

    GNU R Общая сеть (HTTP/FTP/ ...) клиентский интерфейс

  • r-cran-xml

    GNU R пакет для синтаксического анализа и генерации XML

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения

  • libc6

  • r-api-3.4