» GNU R

Как установить r-bioc-genomicfeatures в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки r-bioc-genomicfeatures в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install r-bioc-genomicfeatures
Dzen
r-bioc-genomicfeatures — Инструменты GNU R для создания и обработки стандартных аннотаций транскрипции

Подробная информация о пакете:

Инструменты GNU R для создания и обработки стандартных аннотаций транскрипции

https://bioconductor.org/packages/GenomicFeatures/
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-annotationdbi

    GNU R Интерфейс базы данных аннотаций для BioConductor

  • r-bioc-biobase

    Базовые функции для Bioconductor

  • r-bioc-biocgenerics

    Общие функции для Bioconductor

  • r-bioc-biomart

    Интерфейс GNU R для баз данных BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase и Gramene)

  • r-bioc-biostrings

    Строковые объекты GNU R, представляющие биологические последовательности

  • r-bioc-genomeinfodb

    Утилиты BioConductor для управления хромосомными идентификаторами

  • r-bioc-genomicranges

    Представление BioConductor и манипуляция геномными интервалами

  • r-bioc-iranges

    Контейнеры низкого уровня GNU R для хранения наборов целых диапазонов

  • r-bioc-rtracklayer

    Интерфейс GNU R для браузеров генома и их аннотации

  • r-bioc-s4vectors

    BioConductor S4 реализация векторов и списков

  • r-bioc-xvector

    Представление BioConductor и манипуляция внешними последовательностями

  • r-cran-dbi

    Пакет GNU R, обеспечивающий общий интерфейс базы данных

  • r-cran-rcurl

    GNU R Общая сеть (HTTP/FTP/ ...) клиентский интерфейс

  • r-cran-rmysql

    GNU R, обеспечивающий интерфейс, совместимый с DBI, с MySQL

  • r-cran-rsqlite

    Драйвер интерфейса базы данных R для SQLite

  • r-api-3.4