Установка:

Для установки r-bioc-variantannotation в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install r-bioc-variantannotation
r-bioc-variantannotation — BioConductor - аннотация генетических вариантов

Подробная информация о пакете:

BioConductor - аннотация генетических вариантов

  • Зависимости:

  • libc6

    Библиотека GNU C: общие библиотеки

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-annotationdbi

    GNU R Интерфейс базы данных аннотаций для BioConductor

  • r-bioc-biobase

    Базовые функции для Bioconductor

  • r-bioc-biocgenerics

    Общие функции для Bioconductor

  • r-bioc-biostrings

    Строковые объекты GNU R, представляющие биологические последовательности

  • r-bioc-bsgenome

    Инфраструктура BioConductor для пакетов данных генома на основе Biostrings

  • r-bioc-genomeinfodb

    Утилиты BioConductor для управления хромосомными идентификаторами

  • r-bioc-genomicfeatures

    Инструменты GNU R для создания и обработки стандартных аннотаций транскрипции

  • r-bioc-genomicranges

    Представление BioConductor и манипуляция геномными интервалами

  • r-bioc-iranges

    Контейнеры низкого уровня GNU R для хранения наборов целых диапазонов

  • r-bioc-rsamtools

    GNU R двоичное выравнивание (BAM), вариант вызова (BCF) или импорт файла tabix

  • r-bioc-rtracklayer

    Интерфейс GNU R для браузеров генома и их аннотации

  • r-bioc-s4vectors

    BioConductor S4 реализация векторов и списков

  • r-bioc-summarizedexperiment

    Контейнер для анализа BioConductor

  • r-bioc-xvector

    Представление BioConductor и манипуляция внешними последовательностями

  • r-cran-dbi

    Пакет GNU R, обеспечивающий общий интерфейс базы данных

  • zlib1g

    Библиотека сжатия - время выполнения

  • r-api-3.4