Установка:

Для установки r-bioc-biovizbase в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install r-bioc-biovizbase

Подробная информация о пакете:

Основные графические утилиты GNU R для визуализации геномных данных

Пакет biovizBase предназначен для предоставления набора утилит, цветовых схем и условных обозначений для геномных данных. Он служит базой для различных пакетов высокого уровня для визуализации биологических данных. Это экономит усилия на развитие и способствует согласованности.

Зависимости:

  • libc6

  • r-api-3.4

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-annotationdbi

    GNU R Интерфейс базы данных аннотаций для BioConductor

  • r-bioc-annotationfilter

    средства для фильтрации ресурсов аннотации Bioconductor

  • r-bioc-biocgenerics

    общие функции для Bioconductor

  • r-bioc-biostrings

    Строковые объекты GNU R, представляющие биологические последовательности

  • r-bioc-ensembldb

    Утилиты GNU R для создания и использования базы данных аннотаций, основанной на Ensembl

  • r-bioc-genomeinfodb

    Утилиты BioConductor для управления хромосомными идентификаторами

  • r-bioc-genomicalignments

    Представление BioConductor и манипулирование короткими геномными выравниваниями

  • r-bioc-genomicfeatures

    Инструменты GNU R для создания и обработки стандартных аннотаций транскрипции

  • r-bioc-genomicranges

    Представление BioConductor и манипуляция геномными интервалами

  • r-bioc-iranges

    Контейнеры низкого уровня GNU R для хранения наборов целых диапазонов

  • r-bioc-rsamtools

    GNU R двоичное выравнивание (BAM), вариант вызова (BCF) или импорт файла tabix

  • r-bioc-s4vectors

    BioConductor S4 реализация векторов и списков

  • r-bioc-summarizedexperiment

    Контейнер для анализа BioConductor

  • r-bioc-variantannotation

    BioConductor - аннотация генетических вариантов

  • r-cran-dichromat

    Цветовые схемы для дихроматов

  • r-cran-hmisc

    Функции GNU R от Фрэнка Харрелла

  • r-cran-rcolorbrewer

    Комплект GNU R, обеспечивающий подходящие цветовые палитры

  • r-cran-scales

    Масштабные функции для визуализации