» GNU R

Как установить r-bioc-gviz в Ubuntu / Debian

Установка:

Для установки r-bioc-gviz в Ubuntu / Linux Mint / Debian, введите в Терминал:

sudo apt update
sudo apt install r-bioc-gviz
Dzen
r-bioc-gviz — Построение данных и данных аннотации по геномным координатам

Подробная информация о пакете:

Построение данных и данных аннотации по геномным координатам

https://bioconductor.org/packages/Gviz/
Источник: packages.ubuntu.com

  • Зависимости:

  • r-base-core

    GNU R ядро ​​статистической вычислительной и графической системы

  • r-bioc-annotationdbi

    GNU R Интерфейс базы данных аннотаций для BioConductor

  • r-bioc-biobase

    Базовые функции для Bioconductor

  • r-bioc-biocgenerics

    Общие функции для Bioconductor

  • r-bioc-biomart

    Интерфейс GNU R для баз данных BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase и Gramene)

  • r-bioc-biostrings

    Строковые объекты GNU R, представляющие биологические последовательности

  • r-bioc-biovizbase

    Основные графические утилиты GNU R для визуализации геномных данных

  • r-bioc-bsgenome

    Инфраструктура BioConductor для пакетов данных генома на основе Biostrings

  • r-bioc-genomeinfodb

    Утилиты BioConductor для управления хромосомными идентификаторами

  • r-bioc-genomicalignments

    Представление BioConductor и манипулирование короткими геномными выравниваниями

  • r-bioc-genomicfeatures

    Инструменты GNU R для создания и обработки стандартных аннотаций транскрипции

  • r-bioc-genomicranges

    Представление BioConductor и манипуляция геномными интервалами

  • r-bioc-iranges

    Контейнеры низкого уровня GNU R для хранения наборов целых диапазонов

  • r-bioc-rsamtools

    GNU R двоичное выравнивание (BAM), вариант вызова (BCF) или импорт файла tabix

  • r-bioc-rtracklayer

    Интерфейс GNU R для браузеров генома и их аннотации

  • r-bioc-s4vectors

    BioConductor S4 реализация векторов и списков

  • r-bioc-xvector

    Представление BioConductor и манипуляция внешними последовательностями

  • r-cran-digest

    GNU R для «хэш-дайджеста» структур данных R

  • r-cran-lattice

    Пакет GNU R для графики Trellis

  • r-cran-latticeextra

    GNU R пакет дополнительных графических дисплеев на основе решетки

  • r-cran-matrixstats

    Методы GNU R, которые применяются к строкам и столбцам матрицы

  • r-cran-rcolorbrewer

    Комплект GNU R, обеспечивающий подходящие цветовые палитры

  • r-api-3.4